| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,073,966 | C→A | 5.8% | H207Q (CAC→CAA) | ebgA → | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,073,966 | 0 | C | A | 5.8% | 325.8 / 3.1 | 100 | H207Q (CAC→CAA) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/40); new base A (3/3); total (57/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTC > Exported/2073899‑2074034 | acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCt > 1:829457/1‑70 (MQ=255) cGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCt < 1:3948230/69‑1 (MQ=255) cGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:1198604/1‑71 (MQ=255) cGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:3439484/1‑71 (MQ=255) gAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCa > 1:5678395/1‑71 (MQ=255) gACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:3255080/1‑70 (MQ=255) ccAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATAtt > 1:1936165/1‑70 (MQ=255) cAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:2154221/1‑67 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |