| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,073,975 | T→C | 5.1% | H210H (CAT→CAC) | ebgA → | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,073,975 | 0 | T | C | 5.1% | 345.1 / 5.6 | 118 | H210H (CAT→CAC) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/61); new base C (3/3); total (54/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTGCGTACCGACTTTGACGAAGCCTATTGCGATGCCACGCTTTCCTGCGAAGTG > Exported/2073907‑2074044 | gACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:3255080/1‑70 (MQ=255) aGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc < 1:2294261/71‑1 (MQ=255) ggATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:1723047/1‑70 (MQ=255) ggATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAAc > 1:1389205/1‑70 (MQ=255) atatGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:4513104/1‑63 (MQ=255) atatGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCata > 1:2782633/1‑63 (MQ=255) tgtgGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACg < 1:2453607/66‑1 (MQ=255) tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa < 1:1981342/70‑1 (MQ=255) tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |