| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,219,947 | C→A | 9.7% | intergenic (+207/‑771) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,219,947 | 0 | C | A | 9.7% | 221.0 / 6.3 | 71 | intergenic (+207/‑771) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/21); new base A (4/3); total (47/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ATGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTT > Exported/2219882‑2220012 | aTGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGt > 1:4620011/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:3497800/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:4985344/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:2783683/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:5293886/1‑71 (MQ=255) cacaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTa < 1:394452/71‑1 (MQ=255) acaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTAt < 1:2330082/71‑1 (MQ=255) caAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGcc > 1:5006015/1‑49 (MQ=255) caAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |