| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,219,949 | C→T | 9.7% | intergenic (+209/‑769) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,219,949 | 0 | C | T | 9.7% | 198.1 / 8.9 | 72 | intergenic (+209/‑769) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/23); new base T (4/3); total (46/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
ATGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTT > Exported/2219882‑2220012 | aTGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGt > 1:4620011/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:3497800/1‑71 (MQ=255) tCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTg > 1:4985344/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:5293886/1‑71 (MQ=255) aCCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGtt > 1:2783683/1‑71 (MQ=255) cacaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTa < 1:394452/71‑1 (MQ=255) acaAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTAt < 1:2330082/71‑1 (MQ=255) caAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATg > 1:640412/1‑71 (MQ=255) aaaTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGc 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ATGATTTCGACTGACCACAAATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTT > Exported/2219882‑2220012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |