| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,219,970 | T→G | 7.7% | intergenic (+230/‑748) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,219,970 | 0 | T | G | 7.7% | 229.4 / 10.9 | 90 | intergenic (+230/‑748) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/27); new base G (4/3); total (60/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCTGGGCGACGCTACGCTTAGCCCCTTACTTATTTCTGGTACCATGGGGTGAATAATC > Exported/2219902‑2220035 | aTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTg > 1:2577198/1‑71 (MQ=255)aTTGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTg < 1:1827386/71‑1 (MQ=255) ttGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGc > 1:693918/1‑71 (MQ=255) ttGATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGc > 1:3240807/1‑71 (MQ=255) gATGCGCATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGt > 1:4882101/1‑66 (MQ=255) cgcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGcc > 1:4125861/1‑71 (MQ=255) cgcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGcc > 1:1529514/1‑71 (MQ=255) gcATTGATACTCCACTAAACAGCTATTATTGATACGCCTCCGTCGCCTGTTAGGTTTATGTTGCTTTGCCt < 1:4202765/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |