| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,220,157 | T→G | 7.4% | intergenic (+417/‑561) | yhdH → / → accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,220,157 | 0 | T | G | 7.4% | 239.5 / 10.3 | 93 | intergenic (+417/‑561) | yhdH/accB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding/acetyl CoA carboxylase, BCCP subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/40); new base G (4/3); total (50/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATCCCCAGCAACCGCTGCGTAATGTCGTCTATCTTGTCGCGATCCTGGCATCCCTACATTATTTGTGGTC > Exported/2220089‑2220225 | gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATcc > 1:3547341/1‑71 (MQ=255)gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATcc > 1:3215650/1‑71 (MQ=255)gTCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATcc > 1:4129086/1‑71 (MQ=255) tCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATccc < 1:1493587/71‑1 (MQ=255) tCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATccc < 1:1612330/71‑1 (MQ=255) tCAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATcc < 1:3755849/70‑1 (MQ=255) cAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATccc > 1:3634342/1‑70 (MQ=255) cAATCGGTTAATTTTGCGTGCTTTAGCATTCACATCTATCCAGACGATGCAGTGAAAATTGGGTAATccc > 1:4383629/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |