| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,451,454 | T→A | 8.2% | L269L (CTT→CTA) | hdfR → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,451,454 | 0 | T | A | 8.2% | 200.4 / 8.8 | 73 | L269L (CTT→CTA) | hdfR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/35); new base A (3/3); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
CACTTTCACGGCCGCTTTATGCCATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAGTGTATTAATATGAATGGCTGGCAAGGATGCCGGTAGAA > Exported/2451387‑2451517 | cacTTTCACGGCCGCTTTATGCCATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCtttt > 1:2287162/1‑70 (MQ=255) acTTTCACGGCCGCTTTATGCCATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTg > 1:5264047/1‑70 (MQ=255) aCGGCCGCTTTATGCCATATGGATGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAAtt > 1:5115325/1‑70 (MQ=255) cGCTTTATGCCATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTg < 1:2457298/71‑1 (MQ=255) tATGCCATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTg < 1:4915468/69‑1 (MQ=255) cATATGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGTGCTGGATGAAg > 1:863952/1‑71 (MQ=255) atatGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGt < 1:917573/59‑1 (MQ=255) atatGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGt < 1:656175/59‑1 (MQ=255) atatGGCTGCAAAATAGCGATAAAAATGCGTTGATTCGCGATCTTTTGAAAATTAACGt < 1:3092972/59‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |