| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,572,989 | T→C | 68.2% | intergenic (+1757/‑22) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,572,989 | 0 | T | C | 68.2% | 102.0 / 66.3 | 85 | intergenic (+1757/‑22) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/16); new base C (30/28); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
CAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCT > Exported/2572920‑2573054 | cAGCTTATAGAGGCTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACt < 1:1609978/70‑1 (MQ=255) taGAGGCTTAAGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTg > 1:4046264/1‑65 (MQ=255) agagGCTTAAGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAAc > 1:2902988/1‑69 (MQ=255) gCTTAAGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACg > 1:1505926/1‑71 (MQ=255) cTTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACgg < 1:557743/71‑1 (MQ=255) aaGGAAATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGt < 1:376872/69‑1 (MQ=255) aaaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGACGGTAAttt > 1:2583266/3‑70 (MQ=255) aaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAACCAGa > 1:4890884/2‑60 (MQ=255) ttCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACCTGCAAAc < 1:1149863/54‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |