| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,790,849 | C→T | 55.6% | intergenic (+244/‑531) | pgi → / → ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,790,849 | 0 | C | T | 55.6% | 19.4 / 85.6 | 72 | intergenic (+244/‑531) | pgi/ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/11); new base T (22/18); total (43/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTT > Exported/2790783‑2790917 | tCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAAtcc > 1:4128348/1‑69 (MQ=255) tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa > 1:4536800/1‑68 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:3130768/1‑71 (MQ=255) tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:2814105/1‑71 (MQ=255) tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtt < 1:2078468/70‑1 (MQ=255) cAGATAAATCCCGTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:3756885/1‑71 (MQ=255) cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTaa > 1:3881255/1‑70 (MQ=255) tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgtt > 1:524567/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |