| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,836,056 | A→G | 6.8% | intergenic (‑160/+235) | yjeJ ← / ← yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,836,056 | 0 | A | G | 6.8% | 294.0 / 8.5 | 102 | intergenic (‑160/+235) | yjeJ/yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/48); new base G (3/4); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGT > Exported/2835993‑2836122 | aTAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaaca < 1:2716400/71‑1 (MQ=255) ccGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAg < 1:3713192/71‑1 (MQ=255) ccGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAg < 1:3217956/71‑1 (MQ=255) cGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc < 1:3489304/71‑1 (MQ=255) cGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc < 1:1589342/71‑1 (MQ=255) gTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc > 1:1223046/1‑70 (MQ=255) ctcactcTATATTAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAAt > 1:1336178/1‑70 (MQ=255) ctcactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATg > 1:4963563/1‑71 (MQ=255) ctcactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATg < 1:3265822/71‑1 (MQ=255) cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:1258441/1‑71 (MQ=255) cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:2832153/1‑71 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGt > 1:3007216/1‑55 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaacaac > 1:2806963/1‑61 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa > 1:2160168/1‑66 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:5533715/1‑70 (MQ=255) ctATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaacaa > 1:2899448/1‑57 (MQ=255) tataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa < 1:3153291/60‑1 (MQ=255) tataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa < 1:589120/60‑1 (MQ=255) tataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa < 1:5319843/60‑1 (MQ=255) tataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa < 1:2842567/60‑1 (MQ=255) tataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:5187537/71‑1 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:3510291/1‑70 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:4469510/1‑70 (MQ=255) taAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:5276528/1‑71 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:2270090/1‑70 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:1993733/1‑70 (MQ=255) aaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGt < 1:4248570/45‑1 (MQ=255) aaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGc > 1:1426812/1‑59 (MQ=255) aaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAAtt < 1:774309/71‑1 (MQ=255) aCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAAtt > 1:1574391/1‑70 (MQ=255) agaaaagaaaGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaacaa > 1:4039171/1‑47 (MQ=255) agaaaagaaaGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaacaa > 1:4986077/1‑47 (MQ=255) aaaagaaaGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATATAAAGTaac < 1:5353349/43‑1 (MQ=255) aaaagaaaGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAgg < 1:3243840/71‑1 (MQ=255) aaagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGt < 1:2547271/71‑1 (MQ=255) aagaaagGTTATTTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:3601489/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTaacaa > 1:4207575/1‑43 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:2481809/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat < 1:2565273/60‑1 (MQ=255) aagaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGtt < 1:830894/71‑1 (MQ=255) agaaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGc < 1:3401433/46‑1 (MQ=255) aaagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCaa > 1:2613323/1‑46 (MQ=255) aagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:4088794/71‑1 (MQ=255) aagGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:507945/71‑1 (MQ=255) agGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:3650230/1‑67 (MQ=255) ggTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa < 1:4198680/71‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTGGTTATATAAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACg < 1:2313676/71‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTGGTTATATAAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACg < 1:1225056/71‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTGGTTATATAAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACg < 1:1978766/71‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTGGTTATATAAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACg < 1:4255079/71‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa < 1:1151352/45‑1 (MQ=255) ttAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:2061432/67‑1 (MQ=255) tAATTATTGGTG‑TAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:4407345/1‑71 (MQ=255) aaTTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:5429158/1‑71 (MQ=255) attattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACggg > 1:789717/1‑70 (MQ=255) ttattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAACAATTAAAGGt < 1:4935607/58‑1 (MQ=255) tattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTAt < 1:3545912/60‑1 (MQ=255) tattGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTAt < 1:1893571/60‑1 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:5501061/1‑58 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:5604147/1‑58 (MQ=255) attGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGc > 1:571008/1‑68 (MQ=255) ttGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCa < 1:4399369/68‑1 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:3926753/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:522822/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:2214414/1‑56 (MQ=255) tGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCa > 1:3776892/1‑67 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAATAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGAt < 1:3062314/70‑1 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:5008315/47‑1 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:4912924/47‑1 (MQ=255) gtgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:1199169/47‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:1901898/71‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:2342735/71‑1 (MQ=255) tgtTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:377623/71‑1 (MQ=255) ttAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCatat > 1:20820/1‑35 (MQ=255) ttAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGtt < 1:3469715/50‑1 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTaaa > 1:954722/1‑44 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:3285298/1‑49 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTa > 1:2414143/1‑49 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATg > 1:3707568/1‑51 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATg > 1:4882129/1‑51 (MQ=255) aGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATCCATATGAATAATTAAAGTTTAt > 1:1867840/1‑50 (MQ=255) cTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:506492/40‑1 (MQ=255) cTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTa < 1:5498872/40‑1 (MQ=255) atataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:3846786/1‑50 (MQ=255) atataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCaaa > 1:3688585/1‑58 (MQ=255) atataAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCaaa > 1:4188554/1‑58 (MQ=255) ataAAAAGTAACAACAGCTATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAg > 1:4142390/1‑71 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:3350605/1‑47 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:1682448/1‑47 (MQ=255) taAAGAGTAACAACAGCAATGTATATGAATAATTAAAGGTTATGCaa > 1:4990828/1‑47 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGc > 1:585679/1‑52 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGt > 1:2918506/1‑71 (MQ=255) taAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGt > 1:671519/1‑71 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:2522116/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:55071/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGc < 1:258575/44‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGaaa > 1:1999067/1‑46 (MQ=255) aaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTaaa > 1:4906364/1‑35 (MQ=255) aaaaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTa < 1:5555261/58‑1 (MQ=255) aaGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTaaa > 1:1912364/1‑58 (MQ=255) | ATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGT > Exported/2835993‑2836122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |