| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,836,073 | C→T | 7.0% | intergenic (‑177/+218) | yjeJ ← / ← yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,836,073 | 0 | C | T | 7.0% | 295.1 / 7.9 | 100 | intergenic (‑177/+218) | yjeJ/yjeK | hypothetical protein/predicted lysine aminomutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/44); new base T (3/4); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACT > Exported/2836004‑2836143 | cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:1258441/1‑71 (MQ=255)cactcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:2832153/1‑71 (MQ=255) actcTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCa > 1:5533715/1‑70 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:3510291/1‑70 (MQ=255) ataAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaat > 1:4469510/1‑70 (MQ=255) taAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:5276528/1‑71 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:2270090/1‑70 (MQ=255) aaaCAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGaataa > 1:1993733/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |