| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,245 | G→C | 13.8% | A166P (GCC→CCC) | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,245 | 0 | G | C | 13.8% | 157.6 / 16.3 | 65 | A166P (GCC→CCC) | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/25); new base C (6/3); total (37/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
TGATTATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAA > Exported/2872178‑2872315 | tGATTATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCg < 1:4367174/71‑1 (MQ=255) aTTATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACAGGCCGt < 1:2309922/70‑1 (MQ=255) ttATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTc < 1:4236091/71‑1 (MQ=255) tATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCg > 1:5618075/1‑71 (MQ=255) aTCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGc > 1:5418683/1‑71 (MQ=255) aaCGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGGGTATCAGCACGGGCCGTTCGc < 1:5356699/66‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTgggg > 1:4287228/1‑71 (MQ=255) ggCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGaaa < 1:431422/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |