| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,251 | C→T | 11.3% | R168C (CGC→TGC) | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,251 | 0 | C | T | 11.3% | 184.1 / 11.4 | 71 | R168C (CGC→TGC) | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/28); new base T (6/2); total (41/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
TTATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGG > Exported/2872181‑2872318 | ttATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTc < 1:4236091/71‑1 (MQ=255) tATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCg > 1:5618075/1‑71 (MQ=255) aTCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGc > 1:5418683/1‑71 (MQ=255) aaCGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGGGTATCAGCACGGGCCGTTCGc < 1:5356699/66‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTgggg > 1:4287228/1‑71 (MQ=255) ggCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGaaa < 1:431422/69‑1 (MQ=255) aCGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCt > 1:1056150/1‑71 (MQ=255) cGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCt > 1:412421/1‑70 (MQ=255) 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TTATCGAAACGCTGGGCAACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGG > Exported/2872181‑2872318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |