| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,269 | T→C | 9.8% | S174P (TCA→CCA) ‡ | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,269 | 0 | T | C | 9.8% | 247.0 / 13.4 | 92 | S174P (TCA→CCA) ‡ | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/44); new base C (6/3); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATT > Exported/2872199‑2872338 | aCGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCt > 1:1056150/1‑71 (MQ=255) cGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCt > 1:412421/1‑70 (MQ=255) gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:3175748/1‑71 (MQ=255) gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2834798/1‑71 (MQ=255) gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGCAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTGGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2461073/1‑71 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:943868/71‑1 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:157381/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTc > 1:5437778/1‑65 (MQ=255) 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(MQ=255) ggggAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGAt < 1:1433365/69‑1 (MQ=255) aaaGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:1849441/47‑1 (MQ=255) aaGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCcgc > 1:490196/1‑71 (MQ=255) aGATTCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4170256/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4422703/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:2794660/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:429674/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:148463/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:3316616/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:2661147/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:4602987/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1545982/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4716890/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1144192/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4427771/51‑1 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:4235227/1‑70 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:1123374/1‑70 (MQ=255) gCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt > 1:2695070/1‑71 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt < 1:2629783/71‑1 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:796782/70‑1 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt > 1:2634633/1‑70 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:66643/69‑1 (MQ=255) | ACGCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATT > Exported/2872199‑2872338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |