| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,270 | C→G | 9.7% | S174* (TCA→TGA) ‡ | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,270 | 0 | C | G | 9.7% | 262.4 / 14.4 | 93 | S174* (TCA→TGA) ‡ | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/45); new base G (6/3); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATT > Exported/2872201‑2872338 | gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2834798/1‑71 (MQ=255)gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:3175748/1‑71 (MQ=255)gCCGAGCCGCTGCATACGCCGGCAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTGGCCTGGGGGAAAGATGCTCa > 1:2461073/1‑71 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:943868/71‑1 (MQ=255) ccGAGCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:157381/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTc > 1:5437778/1‑65 (MQ=255) gCCGCTGCATACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:2041557/1‑71 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3823442/71‑1 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:2226036/71‑1 (MQ=255) aTACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3846571/71‑1 (MQ=255) tACGCCGGGAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt > 1:875985/1‑70 (MQ=255) gAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:5521392/1‑54 (MQ=255) gAATTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATg > 1:22326/1‑54 (MQ=255) ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:923546/1‑70 (MQ=255) ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:2306317/1‑70 (MQ=255) ggtgTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATg < 1:2067678/70‑1 (MQ=255) gtgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATgg < 1:2211007/70‑1 (MQ=255) tgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCAc < 1:1700472/41‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCa < 1:3323955/38‑1 (MQ=255) 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> 1:209393/1‑71 (MQ=255) gCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaaaa < 1:4340449/71‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaaaa < 1:4346794/70‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:3178707/37‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCAt < 1:4101342/37‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATgg > 1:1590732/1‑71 (MQ=255) ttCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt < 1:3008695/47‑1 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCgg > 1:3268981/1‑41 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCgg > 1:3264103/1‑41 (MQ=255) cGCCTGGGGGAAAGATGCTCAAGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGa > 1:3726122/1‑47 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 1:4904463/71‑1 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 1:4288885/71‑1 (MQ=255) gCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTg < 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(MQ=255) aGATTCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4170256/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:4422703/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:2794660/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGt < 1:429674/45‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:148463/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:2661147/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:3316616/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTgg > 1:4602987/1‑47 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1545982/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4716890/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:1144192/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4427771/51‑1 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:4235227/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |