| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,293 | G→C | 9.0% | G182R (GGT→CGT) | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,293 | 0 | G | C | 9.0% | 251.1 / 12.5 | 89 | G182R (GGT→CGT) | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/52); new base C (6/2); total (34/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATTAACCCACAACTCAATCACATCGA > Exported/2872226‑2872361 | ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:2306317/1‑70 (MQ=255)ttGTGGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtggt > 1:923546/1‑70 (MQ=255) ggtgTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATg < 1:2067678/70‑1 (MQ=255) gtgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATgg < 1:2211007/70‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:3860845/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:2581399/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCggtgg > 1:4805118/1‑61 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaaga < 1:4604790/71‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaag > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |