| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,872,297 | A→C | 8.5% | D183A (GAT→GCT) | ulaF → | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,872,297 | 0 | A | C | 8.5% | 235.5 / 15.2 | 94 | D183A (GAT→GCT) | ulaF | L‑ribulose 5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/56); new base C (6/2); total (36/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GGTGTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATTAACCCACAACTCAATCACATCGA > Exported/2872230‑2872361 | ggtgTATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATg < 1:2067678/70‑1 (MQ=255) gtgtATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATgg < 1:2211007/70‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaaga < 1:4604790/71‑1 (MQ=255) tATCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaag > 1:4285458/1‑70 (MQ=255) tCAGCACGGGCCGTTCGCCTGGGGGAAAGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGgaagaa < 1:4547312/70‑1 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGgaa > 1:848685/3‑65 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGtc > 1:4479915/3‑70 (MQ=255) cccACGGCCCGTTTGCATGGGGCAAAAATGCCGAAGATGCGGTGCATAACGCCATCGTGCTGGAAGAGGtc > 1:2887968/3‑70 (MQ=255) 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1:1545982/51‑1 (MQ=255) aGATGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGaa < 1:4427771/51‑1 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:4235227/1‑70 (MQ=255) aTGCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCgg > 1:1123374/1‑70 (MQ=255) gCTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt > 1:2695070/1‑71 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt < 1:2629783/71‑1 (MQ=255) cTCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:796782/70‑1 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAtt > 1:2634633/1‑70 (MQ=255) tCACGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCAt < 1:66643/69‑1 (MQ=255) aCGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATTaa < 1:1990982/70‑1 (MQ=255) aCGATGCGGTGCATAACGCGGTGGTGATGGAAGAAGTGGCGAAAATGGCGTGGATTGCCCGCGGCATTAAc > 1:803648/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |