| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,919,737 | A→C | 10.2% | intergenic (‑42/‑120) | argI ← / → yjgD | ornithine carbamoyltransferase 1/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,919,737 | 0 | A | C | 10.2% | 211.4 / 18.5 | 88 | intergenic (‑42/‑120) | argI/yjgD | ornithine carbamoyltransferase 1/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/42); new base C (2/7); total (39/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
GAAATGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCA > Exported/2919669‑2919807 | gAAATGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAAtt > 1:4483763/1‑71 (MQ=255)gAAATGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAAtt < 1:4422199/71‑1 (MQ=255) aaTGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTta < 1:4803678/71‑1 (MQ=255) aaTGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTta > 1:2026981/1‑71 (MQ=255) aaTGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTta < 1:2018015/71‑1 (MQ=255) aTGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTta < 1:5075039/70‑1 (MQ=255) tGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAAtt < 1:3975515/67‑1 (MQ=255) ttATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATg > 1:1341893/1‑70 (MQ=255) aTGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGgat > 1:4754980/1‑71 (MQ=255) aaCCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt < 1:582350/71‑1 (MQ=255) aaCCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt < 1:2065132/71‑1 (MQ=255) cccGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAAAGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCa < 1:2139667/71‑1 (MQ=255) ccGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTtat > 1:1046817/1‑55 (MQ=255) ccGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTtat > 1:284919/1‑55 (MQ=255) aCATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCAt < 1:3672131/67‑1 (MQ=255) aTAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCaa < 1:1686544/71‑1 (MQ=255) tAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTtat < 1:2722665/48‑1 (MQ=255) aGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGt > 1:123024/1‑71 (MQ=255) gATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATgg < 1:55077/50‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCaa < 1:774757/40‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCaa < 1:676885/40‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCaa < 1:2256314/40‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCaa < 1:5539982/40‑1 (MQ=255) aTCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCt < 1:4312853/71‑1 (MQ=255) tCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTa < 1:5315923/71‑1 (MQ=255) tCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTa < 1:4160445/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:68730/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:2922780/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa < 1:1618768/71‑1 (MQ=255) cctcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaa < 1:2596135/70‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTta < 1:3598837/39‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATg < 1:460704/43‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGgat < 1:1383577/46‑1 (MQ=255) tcctGTGGCTAACGCCTCAATGAATT‑AAATTCAATTTATATGGATGATTATTCAttt < 1:3665057/57‑1 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:3638909/1‑70 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:4108777/1‑70 (MQ=255) ctGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:2594511/1‑70 (MQ=255) atgtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCa > 1:765822/2‑70 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:3398820/50‑1 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:246270/50‑1 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATa > 1:3742826/1‑70 (MQ=255) gtgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATa > 1:5183378/1‑70 (MQ=255) tgGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATaaa > 1:1274731/1‑71 (MQ=255) ggCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:5331100/1‑71 (MQ=255) ggCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:4606330/1‑71 (MQ=255) gCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATaa > 1:3774842/1‑68 (MQ=255) gCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:4369160/1‑71 (MQ=255) cTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATGAATCt < 1:4456394/71‑1 (MQ=255) cGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCaa > 1:1793085/1‑50 (MQ=255) gCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTc < 1:3988443/71‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGatta < 1:5339046/35‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTc < 1:1774677/38‑1 (MQ=255) tCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCt < 1:4184464/50‑1 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGattatt > 1:3951740/1‑35 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:4190779/1‑60 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc > 1:2637125/1‑60 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca > 1:3737516/1‑69 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca > 1:2115807/1‑69 (MQ=255) aaTGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaaa < 1:725143/71‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGc < 1:4449831/40‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc < 1:4783280/58‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATc < 1:622186/58‑1 (MQ=255) tGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTcaca < 1:4754993/67‑1 (MQ=255) gAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGt > 1:2808177/1‑71 (MQ=255) aaTTAATATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTg > 1:572657/1‑71 (MQ=255) aaTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTg < 1:2476002/71‑1 (MQ=255) aaTTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAg > 1:1130404/1‑68 (MQ=255) aaTTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTg < 1:1210193/71‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:2173890/37‑1 (MQ=21) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:221795/37‑1 (MQ=21) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTgg < 1:1938506/71‑1 (MQ=255) aTTAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTg < 1:552584/70‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTTTTATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTgg < 1:3479434/70‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCt < 1:3286011/55‑1 (MQ=255) tAAAATTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGc < 1:779211/35‑1 (MQ=19) tAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAg > 1:4909873/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCACCCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAgg > 1:4112108/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAgg > 1:5335653/1‑71 (MQ=255) aaaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTaaa > 1:153737/1‑43 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAAt > 1:518330/1‑50 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaa > 1:3431875/1‑61 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAgg < 1:4147958/70‑1 (MQ=255) aaaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGc < 1:4741111/71‑1 (MQ=255) aaTTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGc < 1:1688589/70‑1 (MQ=255) tttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACaaa < 1:5648880/59‑1 (MQ=255) aTTCACTTTATATGTGTAATTATTCATTTGCAACCCCATTTCACAATTCTTTCTTACAAAGGTGGAGGCaa < 1:2416299/71‑1 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:346257/1‑70 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:3072625/1‑70 (MQ=255) ttCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAAt > 1:5313446/1‑71 (MQ=255) tCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:4259186/1‑60 (MQ=255) tCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCaa > 1:5297771/1‑69 (MQ=255) cAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAgg > 1:5261381/1‑59 (MQ=255) aaTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTc < 1:2953688/71‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGt < 1:4381462/49‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCa < 1:667106/71‑1 (MQ=255) aTTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCa < 1:496189/71‑1 (MQ=255) | GAAATGCTTATGATAAAACCCGGACATAGATCCCTCCTGTGGCTAACGCCTCAATGAATTAAAATTCAATTTATATGGATGATTATTCATTTGCAAGTCTAAAGCATAAATCTTTGTCACAAAGGTGGAGGCAATGTCA > Exported/2919669‑2919807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |