| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,960,625 | T→G | 12.3% | intergenic (+75/+345) | yjjV → / ← yjjW | predicted DNase/predicted pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,960,625 | 0 | T | G | 12.3% | 162.2 / 16.6 | 65 | intergenic (+75/+345) | yjjV/yjjW | predicted DNase/predicted pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/34); new base G (5/3); total (28/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGT‑GCCGAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAAT > Exported/2960557‑2960695 | tAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGc > 1:2362660/1‑71 (MQ=39) aaGACGTTCACGCCGCATCCGGCAACTGCGCCATAATGCCTGATGCGACGCTAAACGCGTCTTTTCAGGcg > 1:1431229/1‑70 (MQ=2) gCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTAc < 1:3813495/71‑1 (MQ=39) cACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACa > 1:4267331/1‑67 (MQ=40) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTa > 1:159269/1‑64 (MQ=40) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:1152959/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:5113893/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGttt < 1:5107126/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |