| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 350,336 | C→T | 82.0% | intergenic (+63/‑37) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 350,336 | 0 | C | T | 82.0% | 187.3 / 33.1 | 89 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/12); new base T (36/37); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
AAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > Exported/350272‑350401 | aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:836184/70‑1 (MQ=255)aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:4766474/70‑1 (MQ=255)aaaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTGGTCTGAAtt < 1:203076/70‑1 (MQ=255) aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:3374393/70‑1 (MQ=255) aaaCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTc < 1:1698269/70‑1 (MQ=255) aCGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAgg < 1:4984621/71‑1 (MQ=255) gtaaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:5449255/68‑1 (MQ=255) taaCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaaa < 1:1384578/69‑1 (MQ=255) aCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAg > 1:1537512/1‑71 (MQ=255) cGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGTCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGc < 1:4412633/71‑1 (MQ=255) cGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGc < 1:2113050/71‑1 (MQ=255) atgcAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:5485145/4‑71 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa > 1:1836500/1‑67 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:1179934/1‑70 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:3033689/70‑1 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:5666235/70‑1 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:1979365/70‑1 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa > 1:2251991/1‑58 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGa > 1:997576/1‑58 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt < 1:578743/52‑1 (MQ=255) cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:4435713/71‑1 (MQ=255) cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:3588155/71‑1 (MQ=255) cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1458258/1‑69 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAATTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGAGAAAtt < 1:5060700/62‑1 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:586317/1‑71 (MQ=255) cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:494738/1‑71 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:4281530/61‑1 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:5201405/1‑71 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:1504549/1‑71 (MQ=255) tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt > 1:1599094/1‑71 (MQ=255) ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:5470391/70‑1 (MQ=255) ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:1725873/70‑1 (MQ=255) ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:2654927/70‑1 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAg > 1:2439958/1‑48 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:1627020/1‑53 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:1312023/1‑60 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:4121948/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:5060370/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:4939888/70‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:1530233/71‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:2362100/71‑1 (MQ=255) ccGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:572120/70‑1 (MQ=255) gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:4676179/1‑71 (MQ=255) gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:1696198/1‑71 (MQ=255) gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:2031426/1‑71 (MQ=255) cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:4109424/1‑46 (MQ=255) cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:3850259/71‑1 (MQ=255) cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt < 1:1015267/49‑1 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:121097/1‑36 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:5433709/1‑36 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa > 1:4858105/1‑36 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg > 1:1233759/1‑71 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:3352318/1‑49 (MQ=255) aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAttt < 1:4300554/46‑1 (MQ=255) aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAt > 1:5580446/1‑44 (MQ=255) aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAt > 1:287474/1‑44 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTa > 1:3350192/1‑57 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:3152742/1‑70 (MQ=255) cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:3883749/58‑1 (MQ=255) cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:5017027/58‑1 (MQ=255) cAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:4345841/58‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa < 1:4779857/57‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:779845/1‑55 (MQ=255) gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt > 1:1766408/1‑71 (MQ=255) gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt < 1:2226096/71‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt < 1:5590971/71‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCtt < 1:4337529/71‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:3838835/36‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2377054/36‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:712845/35‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:5258271/35‑1 (MQ=255) tCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag > 1:4701078/1‑38 (MQ=255) cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:4538313/1‑36 (MQ=255) cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3982332/1‑36 (MQ=255) cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:1869455/1‑52 (MQ=255) cGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAg > 1:621101/1‑71 (MQ=255) cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa > 1:316046/1‑35 (MQ=255) cGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAt > 1:1989575/1‑63 (MQ=255) tgttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg > 1:4465958/1‑70 (MQ=255) tgttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:2754776/71‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:2365917/56‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAta > 1:4778108/1‑59 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg < 1:2541805/61‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg < 1:4507117/61‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCa < 1:982641/70‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:1704961/71‑1 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATCGGCTTAGGCAt > 1:4625641/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:3663048/71‑1 (MQ=255) gtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:736895/67‑1 (MQ=255) ccGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:348698/1‑45 (MQ=255) cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa > 1:2338662/1‑53 (MQ=255) | AAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAT > Exported/350272‑350401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |