| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,138 | G→C | 40.4% | G116G (GGG→GGC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,138 | 0 | G | C | 40.4% | 26.9 / 49.6 | 47 | G116G (GGG→GGC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/16); new base C (7/12); total (19/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCT > Exported/385074‑385207 | ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATc > 1:724685/1‑71 (MQ=255) ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctg < 1:3752196/71‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGTGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGgctgc < 1:2802760/71‑1 (MQ=255) gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:3264642/1‑59 (MQ=255) gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:2519884/1‑59 (MQ=255) cAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCt < 1:1548247/71‑1 (MQ=255) ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgggg < 1:455446/51‑1 (MQ=255) tCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcg > 1:4242236/1‑66 (MQ=255) cGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTAGCTGGggt < 1:4945212/70‑1 (MQ=255) 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tACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGCCTGCTCGCTGGggtgg < 1:3690331/57‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg > 1:4122070/1‑51 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcg > 1:4901219/1‑70 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:2271265/1‑60 (MQ=255) ggcggcGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:3012489/1‑58 (MQ=255) gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:1625793/1‑69 (MQ=255) gccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcggtgcggt < 1:12417/65‑1 (MQ=255) gccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcggtgcggt < 1:1569900/65‑1 (MQ=255) gcgcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:2642605/69‑1 (MQ=255) cgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGac < 1:4336456/71‑2 (MQ=255) cgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGac < 1:3892571/71‑2 (MQ=255) gcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAtt > 1:5187398/1‑71 (MQ=255) cagaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActt < 1:4055455/68‑1 (MQ=255) cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:4314084/42‑1 (MQ=255) cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:1156919/42‑1 (MQ=255) cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt < 1:1112480/71‑1 (MQ=255) gaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActtta > 1:3683789/2‑69 (MQ=255) gaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActtta < 1:1917284/70‑3 (MQ=255) gaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActtta < 1:5612495/70‑3 (MQ=255) aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGtggtgg < 1:4952236/44‑1 (MQ=255) aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg < 1:890215/44‑1 (MQ=255) tGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATg < 1:4973445/71‑1 (MQ=255) tGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTAGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:5038970/1‑71 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:2429487/1‑71 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:268300/1‑71 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt < 1:3102020/71‑1 (MQ=255) cTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtt > 1:4242997/1‑71 (MQ=255) tGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcg > 1:5497278/1‑42 (MQ=255) tGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcg > 1:3477614/1‑42 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt < 1:808785/56‑1 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:4970713/1‑71 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:3114377/1‑56 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:890358/1‑56 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |