| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,140 | T→C | 35.2% | M117T (ATG→ACG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,140 | 0 | T | C | 35.2% | 47.8 / 46.3 | 54 | M117T (ATG→ACG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/21); new base C (7/12); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCT > Exported/385074‑385207 | ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATc > 1:724685/1‑71 (MQ=255) ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctg < 1:3752196/71‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGTGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGgctgc < 1:2802760/71‑1 (MQ=255) gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:3264642/1‑59 (MQ=255) gCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat > 1:2519884/1‑59 (MQ=255) cAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCt < 1:1548247/71‑1 (MQ=255) tCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcg > 1:4242236/1‑66 (MQ=255) cGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTAGCTGGggt < 1:4945212/70‑1 (MQ=255) gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg < 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tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:268300/1‑71 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCt > 1:2429487/1‑71 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt < 1:3102020/71‑1 (MQ=255) cTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtt > 1:4242997/1‑71 (MQ=255) tGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcg > 1:3477614/1‑42 (MQ=255) tGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcg > 1:5497278/1‑42 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt < 1:808785/56‑1 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:4970713/1‑71 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:3114377/1‑56 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa > 1:890358/1‑56 (MQ=255) gggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:247791/40‑1 (MQ=255) gggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtg < 1:4303072/40‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |