| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,162 | G→C | 34.0% | V124V (GTG→GTC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,162 | 0 | G | C | 34.0% | 55.8 / 44.9 | 53 | V124V (GTG→GTC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/20); new base C (6/12); total (21/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCT > Exported/385093‑385230 | gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg < 1:2738382/71‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGggtcgt < 1:3437747/71‑1 (MQ=255) gtggGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTgct > 1:3439234/1‑71 (MQ=255) gtggGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTgct > 1:449019/1‑71 (MQ=255) ggtccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGc > 1:3274463/4‑71 (MQ=255) ggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGcc < 1:5507184/71‑1 (MQ=255) tACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg < 1:5656408/57‑1 (MQ=255) tACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGCCTGCTCGCTGGggtgg < 1:3690331/57‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |