| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,603 | G→A | 9.5% | P271P (CCG→CCA) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,603 | 0 | G | A | 9.5% | 171.9 / 7.1 | 63 | P271P (CCG→CCA) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (2/4); total (30/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
CTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTG > Exported/385534‑385672 | cTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCgg > 1:985229/1‑71 (MQ=255)cTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCgg > 1:2048730/1‑71 (MQ=255) ttGACTTTACCGGCGTGCAGGTGACCTGGATGCTGGTGGGATACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGgtg > 1:3148826/1‑71 (MQ=255) tGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCg > 1:1637274/1‑67 (MQ=255) gACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGtgtg > 1:1371010/1‑71 (MQ=255) aCTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGtgtg < 1:3895423/70‑1 (MQ=255) aCTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGtgtg < 1:4125503/70‑1 (MQ=255) cTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGt < 1:4412872/71‑1 (MQ=255) ttACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTa > 1:4822375/1‑71 (MQ=255) aCCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTAct > 1:196598/1‑71 (MQ=255) gCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACTGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTActgctg > 1:3156345/1‑71 (MQ=255) gCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTActgctg > 1:3949890/1‑71 (MQ=255) cAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGccc < 1:1764602/70‑1 (MQ=255) aGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCcg < 1:3206180/71‑1 (MQ=255) ttGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGATGGCCCcccg > 1:852744/1‑71 (MQ=255) gACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGt > 1:5671959/1‑70 (MQ=255) gACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGt > 1:1315308/1‑70 (MQ=255) ccTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGAc > 1:5090822/1‑71 (MQ=255) 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gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5542898/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5671157/63‑1 (MQ=255) cactgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGaaaa > 1:907676/4‑60 (MQ=255) tgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGa < 1:3358470/54‑1 (MQ=255) gctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg > 1:3116366/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTa > 1:1879722/1‑64 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:3163480/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:4568831/71‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:1053986/1‑71 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg < 1:5292467/70‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:1211863/69‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:5149104/69‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGa < 1:1612282/49‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:5232363/68‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:1553514/68‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTg < 1:1446727/70‑1 (MQ=255) | CTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTG > Exported/385534‑385672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |