| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,636 | C→G | 10.5% | L282L (CTC→CTG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,636 | 0 | C | G | 10.5% | 150.7 / 8.3 | 57 | L282L (CTC→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/31); new base G (2/4); total (22/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
GGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGA > Exported/385570‑385706 | ggtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTa > 1:144673/1‑71 (MQ=255)ggtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTa > 1:4706999/1‑71 (MQ=255) gtggGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTAc > 1:2173621/1‑71 (MQ=255) gTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTc < 1:3594466/71‑1 (MQ=255) tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCt > 1:556715/1‑71 (MQ=255) tACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCt > 1:4062551/1‑71 (MQ=255) ggTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaa < 1:833257/71‑1 (MQ=255) gTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaaa < 1:1130967/71‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTcc < 1:2931034/63‑1 (MQ=255) ttGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc > 1:3968050/1‑71 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5671157/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:5542898/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:3265248/63‑1 (MQ=255) gcggTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc < 1:2092252/63‑1 (MQ=255) cactgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGaaaa > 1:907676/4‑60 (MQ=255) tgctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGa < 1:3358470/54‑1 (MQ=255) gctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg > 1:3116366/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTa > 1:1879722/1‑64 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:1053986/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:4568831/71‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg > 1:3163480/1‑71 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtcg < 1:5292467/70‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:5149104/69‑1 (MQ=255) ctgcCAGTGTGGCTGATCCTCGCACCGCGCGACTATCTGGCAACCTTCCTGAAAATCGGCGTTAtcgtc < 1:1211863/69‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGa < 1:1612282/49‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:1553514/68‑1 (MQ=255) ccGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCgg < 1:5232363/68‑1 (MQ=255) ggTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTg < 1:1446727/70‑1 (MQ=255) tgtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGc < 1:5483196/70‑1 (MQ=255) tgtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCg < 1:457091/71‑1 (MQ=255) gtgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCgg > 1:2327305/1‑71 (MQ=255) tgGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaa < 1:2177273/44‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATGGTCGGt < 1:5998/61‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCTGTCTGGCGGTAg < 1:1606371/71‑1 (MQ=255) gTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAg > 1:3797468/1‑71 (MQ=255) ttACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAgg > 1:2483854/1‑71 (MQ=255) aCTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATc > 1:5690135/1‑43 (MQ=255) aCTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGAc > 1:2137469/1‑48 (MQ=255) aCTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTg < 1:5039293/61‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTGTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGt < 1:3512216/56‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaaa < 1:4448642/38‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaaa < 1:1899124/38‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGaaa < 1:1940238/38‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGTGACTATCGTCGGt < 1:1516846/56‑1 (MQ=255) tgctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGt < 1:2109879/56‑1 (MQ=255) ctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCAtttt > 1:2013277/1‑71 (MQ=255) ctgGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCAtt < 1:4871700/69‑1 (MQ=255) gCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGAt < 1:613552/71‑1 (MQ=255) gCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGAt < 1:3925491/71‑1 (MQ=255) gcgTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGAt < 1:1150380/66‑1 (MQ=255) gcgTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGAt < 1:4726105/66‑1 (MQ=255) cgTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCt > 1:4729189/1‑47 (MQ=255) cgTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTa > 1:3422983/1‑67 (MQ=255) gTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATgcgc < 1:3111417/71‑1 (MQ=255) gTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATgcgc > 1:2676299/1‑71 (MQ=255) aCCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACg > 1:486545/1‑71 (MQ=255) ccTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCt > 1:2768379/1‑39 (MQ=255) ctctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTg < 1:297900/54‑1 (MQ=255) ctctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTg < 1:5159509/54‑1 (MQ=255) ctctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCt < 1:3037071/71‑1 (MQ=255) ctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTa > 1:1308375/1‑56 (MQ=255) ctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGa > 1:98970/1‑71 (MQ=255) ctctACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGa > 1:4202142/1‑71 (MQ=255) | GGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGA > Exported/385570‑385706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |