| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,771 | G→C | 6.0% | P327P (CCG→CCC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,771 | 0 | G | C | 6.0% | 306.9 / 6.8 | 99 | P327P (CCG→CCC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/48); new base C (4/2); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGC > Exported/385702‑385841 | gCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGt < 1:3114168/71‑1 (MQ=255)gCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGt > 1:2838784/1‑71 (MQ=255)gCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGt > 1:535308/1‑71 (MQ=255) aCCATGCCTGCGCTGACCATATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCt < 1:1385834/71‑1 (MQ=255) aCCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCt < 1:5466735/71‑1 (MQ=255) ccATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTg < 1:2447508/71‑1 (MQ=255) ccATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTg < 1:5018241/71‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGt < 1:1014395/65‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |