| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,798 | C→T | 30.0% | G336G (GGC→GGT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,798 | 0 | C | T | 30.0% | 149.7 / 78.7 | 110 | G336G (GGC→GGT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/39); new base T (20/13); total (58/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGG > Exported/385728‑385864 | ttGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgc > 1:5664158/1‑71 (MQ=255) tGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgcg > 1:454788/1‑71 (MQ=255) gATTGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:5600569/71‑1 (MQ=255) gATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:2073417/71‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtgt < 1:381716/71‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtg > 1:757379/1‑70 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc > 1:3297794/1‑71 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc > 1:1851656/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |