| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,895 | T→C | 12.4% | L369L (TTA→CTA) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,895 | 0 | T | C | 12.4% | 285.0 / 25.5 | 113 | L369L (TTA→CTA) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/58); new base C (9/5); total (50/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGC > Exported/385825‑385965 | ctctTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:1357813/1‑71 (MQ=255) cttctGCGACCACGCCGAAGATGCTGGAGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:2410232/1‑69 (MQ=255) ttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:25075/1‑71 (MQ=255) tctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2364841/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:2760664/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:3034470/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:4899299/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:4011975/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:2013463/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAAt > 1:1746415/1‑70 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:5649198/69‑1 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:2247715/69‑1 (MQ=255) gACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt < 1:433986/71‑1 (MQ=255) gACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt < 1:440833/71‑1 (MQ=255) ccACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc < 1:4484983/71‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:409881/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:1252535/68‑1 (MQ=255) caccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGACGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:5587177/68‑1 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc < 1:1682076/71‑1 (MQ=255) gCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg > 1:5626112/1‑71 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATGCTTCGt < 1:6528/71‑1 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGt < 1:4641613/71‑1 (MQ=255) gAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc > 1:4508440/1‑64 (MQ=255) tGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:4227598/1‑51 (MQ=255) tGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:3732506/1‑51 (MQ=255) tGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:5374554/1‑51 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATcc > 1:3680521/1‑58 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:1189088/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:3148184/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2766293/1‑71 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2123505/1‑71 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:935580/56‑1 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgc > 1:789094/1‑71 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgc < 1:746920/71‑1 (MQ=255) gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTGATGGAATCCtt < 1:2906134/54‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2094552/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:1339751/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:2114374/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGtt < 1:1505732/41‑1 (MQ=255) aacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCt < 1:2447684/71‑1 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAAt > 1:4405294/1‑47 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATc > 1:3750771/1‑48 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:620664/1‑58 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:5062498/1‑58 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt < 1:1472331/71‑1 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt > 1:4509184/1‑71 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt < 1:4389761/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:4717433/1‑71 (MQ=255) gCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTg < 1:5210306/71‑1 (MQ=255) agTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt < 1:171864/70‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:4061539/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:3634666/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:5316669/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTg < 1:63155/42‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:5383460/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca > 1:796552/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca < 1:2988911/71‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:382975/70‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:2660878/70‑1 (MQ=255) tttATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTAt < 1:1986052/47‑1 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTa > 1:4385773/3‑45 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:5459176/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:4048213/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1024988/3‑71 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:4782108/42‑1 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc > 1:5249769/1‑58 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:2165164/2‑70 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:2587767/1‑43 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa > 1:400964/1‑43 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCg < 1:2290757/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt > 1:3036305/1‑62 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt > 1:3774717/1‑62 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca < 1:43401/66‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:5618758/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:342877/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:3811882/70‑1 (MQ=255) cGGCTACGGGGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:2418344/39‑1 (MQ=255) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:3924332/1‑66 (MQ=255) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:1404056/1‑66 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaac < 1:401342/70‑3 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc < 1:1386348/71‑1 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc > 1:3009516/1‑71 (MQ=255) gCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCg < 1:1752776/71‑1 (MQ=255) cGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg < 1:1775997/69‑1 (MQ=255) tGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTg < 1:987350/51‑1 (MQ=255) gggATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTa > 1:4061144/1‑71 (MQ=255) gATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc < 1:2527693/55‑1 (MQ=255) gATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAtt < 1:3964663/71‑1 (MQ=255) aTGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATGGATCCGGGCGTGTAttt > 1:319888/1‑71 (MQ=255) aTGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt > 1:1417581/1‑71 (MQ=255) tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt < 1:1261406/37‑1 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTc < 1:2484157/39‑1 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTc < 1:560446/39‑1 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTc < 1:987297/39‑1 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTg > 1:1918695/1‑71 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:782660/53‑1 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:229017/53‑1 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:2767376/53‑1 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:3080136/1‑54 (MQ=255) ttAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGc > 1:3382033/1‑71 (MQ=255) | CTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGC > Exported/385825‑385965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |