| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,897 | A→G | 18.3% | L369L (TTA→TTG) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,897 | 0 | A | G | 18.3% | 220.5 / 42.7 | 109 | L369L (TTA→TTG) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/49); new base G (9/11); total (49/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCA > Exported/385828‑385967 | ttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:25075/1‑71 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:4011975/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:4899299/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:2760664/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:3034470/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:2013463/68‑1 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAAt > 1:1746415/1‑70 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:5649198/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |