| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,931 | T→G | 19.8% | S381A (TCC→GCC) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,931 | 0 | T | G | 19.8% | 177.8 / 54.7 | 106 | S381A (TCC→GCC) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/42); new base G (14/7); total (57/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCT > Exported/385863‑385989 | ggCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc < 1:1768261/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:4717433/1‑71 (MQ=255) agTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt < 1:171864/70‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:5383460/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca > 1:796552/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca < 1:2988911/71‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:382975/70‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:2660878/70‑1 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:2478888/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:5459176/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1024988/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:4048213/3‑71 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGAGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1412700/3‑71 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc > 1:5249769/1‑58 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCg < 1:2067750/70‑1 (MQ=255) aTCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCg < 1:2290757/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTc > 1:2316601/1‑55 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt > 1:3036305/1‑62 (MQ=255) 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cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:140140/1‑36 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:5364521/1‑36 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa > 1:2975129/1‑35 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGcc > 1:144419/1‑71 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAACAccc > 1:5577617/1‑71 (MQ=255) tCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAACACCCCg > 1:1968933/1‑71 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:2813461/1‑40 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:1710372/1‑40 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:3701285/1‑40 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:5564122/1‑40 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:3225489/1‑40 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGccc < 1:5523451/69‑1 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGccc > 1:4800594/1‑69 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |