| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,936 | C→G | 21.0% | A382A (GCC→GCG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,936 | 0 | C | G | 21.0% | 199.4 / 48.5 | 100 | A382A (GCC→GCG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/39); new base G (14/7); total (54/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGACG > Exported/385868‑386005 | gCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTg < 1:5210306/71‑1 (MQ=255) agTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGt < 1:171864/70‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat > 1:5383460/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca > 1:796552/1‑71 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatca < 1:2988911/71‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:2660878/70‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc < 1:382975/70‑1 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1024988/3‑71 (MQ=255) 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1:3199603/1‑69 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCa > 1:2477081/1‑71 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCa > 1:442668/1‑71 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCa > 1:4313481/1‑71 (MQ=255) aTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCa > 1:2778469/1‑70 (MQ=255) aTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCAt < 1:3215696/71‑1 (MQ=255) aTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCAt < 1:4172047/71‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa < 1:2489596/42‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa < 1:690437/42‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa < 1:5695117/42‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa < 1:1225190/42‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt > 1:4449895/1‑64 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |