| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 386,404 | C→T | 15.3% | V538V (GTC→GTT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 386,404 | 0 | C | T | 15.3% | 240.7 / 27.5 | 98 | V538V (GTC→GTT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/33); new base T (12/3); total (62/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCCTGCTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGG > Exported/386335‑386469 | gcctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTc > 1:3769479/1‑70 (MQ=255)gcctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTc > 1:4160136/1‑70 (MQ=255) cctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGTCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCg < 1:2214531/70‑1 (MQ=255) cctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCg < 1:4650375/70‑1 (MQ=255) cctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGa > 1:3804809/1‑71 (MQ=255) cctgcTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGa < 1:1677217/71‑1 (MQ=255) cTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCg > 1:2389998/1‑71 (MQ=255) cTAACCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCg < 1:1718496/71‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTg < 1:2061588/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTgg > 1:4872536/1‑71 (MQ=255) tgctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggc > 1:2260270/1‑71 (MQ=255) gctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggcg > 1:398086/1‑71 (MQ=255) ctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggcgg < 1:1475142/71‑1 (MQ=255) ctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggcg > 1:1174178/1‑70 (MQ=255) ctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggcg < 1:4028053/70‑1 (MQ=255) ctgGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGggcg < 1:3741494/70‑1 (MQ=255) ggCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATc > 1:5474168/1‑59 (MQ=255) ggCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATc > 1:680267/1‑59 (MQ=255) 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1:4717093/70‑3 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:631643/1‑71 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:3791246/1‑71 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:143491/71‑1 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActc < 1:2358133/48‑1 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTaa < 1:4343976/42‑1 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg > 1:2041384/1‑49 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCt < 1:3705264/57‑1 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt < 1:4154420/58‑1 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:3665008/1‑71 (MQ=255) tcctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:568502/1‑71 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1398909/1‑58 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:405259/1‑62 (MQ=255) tgtaTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTAt > 1:469441/4‑61 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:5199583/1‑59 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:2478397/1‑60 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:4503111/1‑60 (MQ=255) taTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa < 1:4894737/69‑1 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTaa > 1:4169356/1‑35 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTaa > 1:5108796/1‑35 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:675295/60‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt > 1:3166269/1‑70 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:5089241/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:5307376/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:2601680/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:4005202/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:21154/1‑54 (MQ=25) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc < 1:3424525/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:512031/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:4409241/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:5247843/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc < 1:2615699/64‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAg < 1:3803587/67‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc > 1:3092143/1‑71 (MQ=255) aGGTCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTg > 1:4025979/1‑71 (MQ=19) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |