| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 386,420 | A→G | 23.6% | I544V (ATT→GTT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 386,420 | 0 | A | G | 23.6% | 169.3 / 50.1 | 93 | I544V (ATT→GTT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/31); new base G (18/4); total (58/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
GCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGC > Exported/386351‑386483 | gCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCAt < 1:1353809/71‑1 (MQ=255) aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:3332413/1‑71 (MQ=255) aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:2785264/1‑71 (MQ=255) aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:2280740/1‑71 (MQ=255) aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:15669/1‑71 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4569652/1‑71 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:3681459/71‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:4234938/71‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:5171616/71‑1 (MQ=255) gcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca < 1:2365723/68‑1 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1258156/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1434803/1‑71 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4495123/1‑68 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:2042437/1‑68 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:4539334/69‑1 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGACCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:5365051/69‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCg < 1:4755316/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgtg > 1:2113715/1‑65 (MQ=255) 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1:4503111/1‑60 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:2478397/1‑60 (MQ=255) taTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa < 1:4894737/69‑1 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTaa > 1:5108796/1‑35 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTaa > 1:4169356/1‑35 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:675295/60‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt > 1:3166269/1‑70 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:5089241/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:5307376/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:4005202/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:2601680/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:21154/1‑54 (MQ=25) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc < 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1:892867/1‑71 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg > 1:764011/1‑71 (MQ=255) cGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTGGCAg > 1:5376531/1‑71 (MQ=25) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:2761479/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:2767976/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:315017/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:3416126/1‑35 (MQ=255) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg < 1:705262/71‑1 (MQ=255) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg > 1:5403478/1‑71 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:793803/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:5442634/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1523083/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGt > 1:4778075/1‑45 (MQ=255) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAAc > 1:943000/3‑53 (MQ=16) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg < 1:3797837/61‑1 (MQ=19) cGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTg > 1:4795395/1‑41 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGt > 1:3596631/1‑42 (MQ=19) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:1805577/44‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgc < 1:2984461/71‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5444251/70‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5492450/70‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:2204434/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:146458/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:1378796/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:4957401/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |