| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 386,425 | C→G | 24.7% | N545K (AAC→AAG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 386,425 | 0 | C | G | 24.7% | 166.9 / 51.4 | 89 | N545K (AAC→AAG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/30); new base G (18/4); total (55/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
AGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTG > Exported/386356‑386494 | aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:2280740/1‑71 (MQ=255)aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:2785264/1‑71 (MQ=255)aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:3332413/1‑71 (MQ=255)aGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca > 1:15669/1‑71 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:5171616/71‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:3681459/71‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:4234938/71‑1 (MQ=255) cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4569652/1‑71 (MQ=255) gcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAaca < 1:2365723/68‑1 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1258156/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1434803/1‑71 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4495123/1‑68 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:2042437/1‑68 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:4539334/69‑1 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGACCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:5365051/69‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCg < 1:4755316/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgtg > 1:2113715/1‑65 (MQ=255) ggCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt > 1:5405944/1‑71 (MQ=255) ctgTGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGtt > 1:4246239/3‑71 (MQ=255) cGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt < 1:1226240/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:461061/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTgg > 1:3887993/1‑60 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTgg > 1:1617627/1‑60 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGttcg < 1:4717093/70‑3 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:631643/1‑71 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:143491/71‑1 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:3791246/1‑71 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActc < 1:2358133/48‑1 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg > 1:2041384/1‑49 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCt < 1:3705264/57‑1 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt < 1:4154420/58‑1 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:3665008/1‑71 (MQ=255) tcctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:568502/1‑71 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1398909/1‑58 (MQ=255) cctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:405259/1‑62 (MQ=255) tgtaTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTAt > 1:469441/4‑61 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:5199583/1‑59 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:2478397/1‑60 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt > 1:4503111/1‑60 (MQ=255) taTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa < 1:4894737/69‑1 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:675295/60‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt > 1:3166269/1‑70 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:5089241/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:2601680/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:5307376/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:4005202/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:21154/1‑54 (MQ=25) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:512031/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc < 1:3424525/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:4409241/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:5247843/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc < 1:2615699/64‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAg < 1:3803587/67‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc > 1:3092143/1‑71 (MQ=255) aGGTCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTg > 1:4025979/1‑71 (MQ=19) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGGATCAACACCCTGTGGCCGCTGTTCGGCATCGCCAACCAGATGCTg > 1:598713/1‑71 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:4872730/1‑54 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt > 1:2362930/1‑56 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg > 1:764011/1‑71 (MQ=255) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTg > 1:892867/1‑71 (MQ=255) cGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTGGCAg > 1:5376531/1‑71 (MQ=25) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:3416126/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:315017/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:2767976/1‑35 (MQ=255) cGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgt > 1:2761479/1‑35 (MQ=255) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg > 1:5403478/1‑71 (MQ=255) gTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAgg < 1:705262/71‑1 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:5442634/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:793803/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt > 1:1523083/1‑42 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGt > 1:4778075/1‑45 (MQ=255) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAAc > 1:943000/3‑53 (MQ=16) ttgATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg < 1:3797837/61‑1 (MQ=19) cGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTg > 1:4795395/1‑41 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGt > 1:3596631/1‑42 (MQ=19) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAt < 1:1805577/44‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgc < 1:2984461/71‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5492450/70‑1 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:5444251/70‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:146458/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGa > 1:2204434/1‑50 (MQ=255) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:4957401/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTgg > 1:1378796/1‑56 (MQ=16) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:2398335/63‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:146810/69‑1 (MQ=255) gCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:2758244/69‑1 (MQ=255) cTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt < 1:490666/62‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATg < 1:4941133/69‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGc < 1:1693235/70‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTgg < 1:3298866/45‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGcc < 1:4829369/71‑1 (MQ=255) aaaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg > 1:4734756/2‑40 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1956186/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:3141143/1‑71 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGc > 1:1600008/1‑43 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:976486/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:891339/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCa > 1:2459854/1‑44 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCtgt > 1:5453234/1‑65 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg > 1:22249/1‑71 (MQ=255) | AGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTG > Exported/386356‑386494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |