| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 386,428 | T→C | 26.4% | T546T (ACT→ACC) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 386,428 | 0 | T | C | 26.4% | 142.8 / 54.2 | 87 | T546T (ACT→ACC) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/27); new base C (19/4); total (56/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTG > Exported/386358‑386497 | cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:4234938/71‑1 (MQ=255)cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4569652/1‑71 (MQ=255)cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:3681459/71‑1 (MQ=255)cgcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct < 1:5171616/71‑1 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1258156/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActct > 1:1434803/1‑71 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:4495123/1‑68 (MQ=255) tgtgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACAct > 1:2042437/1‑68 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:4539334/69‑1 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGACCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:5365051/69‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCg < 1:4755316/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgtg > 1:2113715/1‑65 (MQ=255) ggCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt > 1:5405944/1‑71 (MQ=255) ctgTGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGtt > 1:4246239/3‑71 (MQ=255) cGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGttt < 1:1226240/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:461061/71‑1 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTgg > 1:1617627/1‑60 (MQ=255) tGGGGCTACCTGCTGTATCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTgg > 1:3887993/1‑60 (MQ=255) 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tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCt > 1:5307376/1‑48 (MQ=21) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCgg > 1:21154/1‑54 (MQ=25) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc < 1:3424525/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:512031/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:4409241/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:5247843/54‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc < 1:2615699/64‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAg < 1:3803587/67‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc > 1:3092143/1‑71 (MQ=255) aGGTCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCTg > 1:4025979/1‑71 (MQ=19) aGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGGATCAACACCCTGTGGCCGCTGTTCGGCATCGCCAACCAGATGCTg > 1:598713/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |