Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | Exported | 387,133 | A→T | 9.6% | M19L (ATG→TTG) | ybdD → | conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | Exported | 387,133 | 0 | A | T | 9.6% | 283.5 / 17.8 | 104 | M19L (ATG→TTG) | ybdD | conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/38); new base T (7/3); total (63/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AGCGGAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAT > Exported/387066‑387203 | aGCGGAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCtgatg < 1:4917597/70‑1 (MQ=255) gCGGAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTgatgat < 1:1957616/71‑1 (MQ=255) gAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCtgatga > 1:5376051/1‑67 (MQ=255) gAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTgg < 1:2177515/71‑1 (MQ=255) gAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTgg < 1:1790062/71‑1 (MQ=255) ggCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTgatgat > 1:4865496/1‑66 (MQ=255) gCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTg < 1:1261203/67‑1 (MQ=255) cAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGc > 1:3990063/1‑71 (MQ=255) aGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTgg < 1:172929/64‑1 (MQ=255) aTGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:4886846/1‑71 (MQ=255) aTGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:1601391/1‑71 (MQ=255) tGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:2949322/1‑71 (MQ=255) tttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGt > 1:5027236/1‑60 (MQ=255) tttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGt > 1:1954260/1‑60 (MQ=255) tttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTa < 1:1122434/71‑1 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:2650542/1‑67 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:1661989/1‑71 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:2445598/1‑71 (MQ=255) tGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:2450142/1‑70 (MQ=255) tCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTAt < 1:5027329/56‑1 (MQ=255) cACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc > 1:4476256/1‑71 (MQ=255) aCTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc > 1:305563/1‑70 (MQ=255) cTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc < 1:598127/69‑1 (MQ=255) ggCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCtgatga > 1:1795185/1‑44 (MQ=255) ggCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTa > 1:4115185/1‑50 (MQ=255) ggCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTAt > 1:596595/1‑51 (MQ=255) gCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTg < 1:27387/46‑1 (MQ=255) cAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGt > 1:169441/1‑70 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCtgatga > 1:2336443/1‑41 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTgg < 1:2746943/45‑1 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:5572510/1‑55 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:5565807/1‑55 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTc > 1:4569649/1‑70 (MQ=255) aGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGaa > 1:3932333/1‑70 (MQ=255) aGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:2296528/71‑1 (MQ=255) ccGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCtgatga > 1:4265816/1‑36 (MQ=255) ccGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACa > 1:4169278/1‑70 (MQ=255) cGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa < 1:3234295/48‑1 (MQ=255) cGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa < 1:3742088/48‑1 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:2503899/4‑71 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:1375512/4‑71 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:1368742/4‑71 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:4746026/1‑57 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:1563660/1‑57 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:3960817/1‑57 (MQ=255) aaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2994722/70‑1 (MQ=255) aaaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:1798256/1‑46 (MQ=255) aaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTAc > 1:307246/1‑49 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg > 1:331928/1‑71 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg > 1:405943/1‑71 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg < 1:3826447/71‑1 (MQ=255) atatTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCggg > 1:5142009/1‑71 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:2606716/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:1579984/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:3907523/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:4408503/1‑70 (MQ=255) tttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:3716080/71‑1 (MQ=255) tttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:4862363/71‑1 (MQ=255) ttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa > 1:967722/1‑71 (MQ=255) ttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa > 1:2608251/1‑71 (MQ=255) aGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc < 1:342600/70‑1 (MQ=255) ggcggcGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTa > 1:1023549/1‑42 (MQ=255) ggcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:2670197/1‑50 (MQ=255) ggcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:3133247/1‑52 (MQ=255) gcgAAGTTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaaac < 1:4942000/61‑3 (MQ=255) gcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAcc < 1:4683993/61‑1 (MQ=255) gcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTacg < 1:5546099/40‑3 (MQ=255) cgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:2599167/57‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:2855109/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:1450240/44‑1 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGaa > 1:4688802/1‑41 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:4705646/1‑44 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:3678828/1‑44 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:3400112/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:829640/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:4724351/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:5383963/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:4655295/1‑49 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3402980/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:1829094/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3186493/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATc > 1:3332601/1‑58 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:2425918/64‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa > 1:2193423/1‑65 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:263657/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:4857755/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:2756149/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGc > 1:1988167/1‑70 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4794735/1‑66 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4691313/1‑66 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa < 1:2149469/64‑1 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc > 1:504197/1‑38 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc > 1:1959478/1‑38 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa > 1:938213/1‑50 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGa > 1:4499753/1‑71 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:2251007/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:1637707/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:3227089/1‑64 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:790725/1‑64 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAt < 1:2675114/71‑1 (MQ=255) | AGCGGAGGCCAAGATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAT > Exported/387066‑387203 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |