| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 387,147 | T→A | 10.9% | P23P (CCT→CCA) | ybdD → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 387,147 | 0 | T | A | 10.9% | 350.5 / 27.4 | 127 | P23P (CCT→CCA) | ybdD | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/44); new base A (8/6); total (77/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACG > Exported/387079‑387211 | aTGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:4886846/1‑71 (MQ=255)aTGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:1601391/1‑71 (MQ=255) tGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:2949322/1‑71 (MQ=255) tttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTa < 1:1122434/71‑1 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa > 1:2650542/1‑67 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:1661989/1‑71 (MQ=255) ttGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:2445598/1‑71 (MQ=255) tGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:2450142/1‑70 (MQ=255) tGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTAc > 1:1729895/1‑70 (MQ=255) cACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc > 1:4476256/1‑71 (MQ=255) aCTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc > 1:305563/1‑70 (MQ=255) cTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAAc < 1:598127/69‑1 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:5565807/1‑55 (MQ=255) aaaaGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTc > 1:4569649/1‑70 (MQ=255) ccGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACa > 1:4169278/1‑70 (MQ=255) cGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa < 1:3234295/48‑1 (MQ=255) cGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGa < 1:4007465/48‑1 (MQ=255) cGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACaa < 1:4582039/57‑1 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:1375512/4‑71 (MQ=255) aaaaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCata > 1:2503899/4‑71 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:3960817/1‑57 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:4746026/1‑57 (MQ=255) gAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACt > 1:1563660/1‑57 (MQ=255) aaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2994722/70‑1 (MQ=255) aaaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:784947/70‑1 (MQ=255) aaaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGAt > 1:1798256/1‑46 (MQ=255) aaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTAc > 1:307246/1‑49 (MQ=255) aaaaTATCTCGGCCAGGCGGCGAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg > 1:2617577/1‑70 (MQ=255) aaaTATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCg < 1:3826447/71‑1 (MQ=255) atatTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCggg > 1:5142009/1‑71 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:3267710/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:2606716/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:3907523/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:4408503/1‑70 (MQ=255) atTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGt > 1:1579984/1‑70 (MQ=255) tttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa < 1:3716080/71‑1 (MQ=255) ttAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaa > 1:2608251/1‑71 (MQ=255) tAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:4330098/1‑71 (MQ=255) aGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc < 1:342600/70‑1 (MQ=255) ggcggcGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTa > 1:1023549/1‑42 (MQ=255) cggcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:5111859/1‑53 (MQ=255) ggcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:2670197/1‑50 (MQ=255) ggcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:4862206/1‑50 (MQ=255) ggcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:3133247/1‑52 (MQ=255) gcgAAGTTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTaaac < 1:4942000/61‑3 (MQ=255) gcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAcc < 1:4683993/61‑1 (MQ=255) gcgAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa < 1:4922145/71‑1 (MQ=255) gcgAAGATGTTGATTGGCATTCCAGACTACGACAACTacg < 1:5546099/40‑3 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:1450240/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:2855109/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc < 1:3675457/44‑1 (MQ=255) gAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:5554143/1‑71 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:4705646/1‑44 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:3678828/1‑44 (MQ=255) aGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACat > 1:3906435/1‑44 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:141617/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:5383963/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:4655295/1‑49 (MQ=255) gCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCgg > 1:3400112/1‑49 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3402980/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:1829094/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGa < 1:3186493/38‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATc > 1:3332601/1‑58 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:2425918/64‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa > 1:2193423/1‑65 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:4857755/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:4705111/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGcc < 1:2756149/71‑1 (MQ=255) cTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGc > 1:1988167/1‑70 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4794735/1‑66 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4691313/1‑66 (MQ=255) tgatgaTTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCa < 1:2149469/64‑1 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAAc > 1:1959478/1‑38 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTa > 1:938213/1‑50 (MQ=255) gatgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGa > 1:4499753/1‑71 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:4783303/41‑1 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2616689/41‑1 (MQ=255) ttgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATg < 1:2812804/41‑1 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:1637707/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAAc > 1:2251007/1‑51 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:790725/1‑64 (MQ=255) atgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGAt < 1:2675114/71‑1 (MQ=255) tgatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACata > 1:1283650/1‑39 (MQ=255) tgatTGGCATTCCAGACTACGACAACTACGTCGAGCATATgaa > 1:1488582/1‑41 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACa > 1:3130891/1‑36 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:906862/1‑62 (MQ=255) gatTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:1087035/1‑62 (MQ=255) tGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4126632/1‑59 (MQ=255) gTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGATCATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGAcc < 1:3956184/68‑1 (MQ=255) gTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGAcc < 1:4742001/68‑1 (MQ=255) tATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACg < 1:2161725/71‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:3262400/51‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATc < 1:2533314/51‑1 (MQ=255) tGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:962539/62‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCTTCCCGATCa < 1:5054868/51‑1 (MQ=255) gCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:1930838/61‑1 (MQ=255) ccTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCaaa > 1:4740736/1‑52 (MQ=255) tGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCg < 1:2534417/44‑1 (MQ=255) tGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATg < 1:1671054/58‑1 (MQ=255) tGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCt > 1:3957920/1‑62 (MQ=255) | ATGTTTGATTCACTGGCAAAAGCCGGAAAATATTTAGGTCAGGCGGCGAAGCTGATGATTGGTATGCCTGATTACGACAACTATGTCGAACATATGCGGGTTAACCATCCCGATCAAACGCCGATGACCTACG > Exported/387079‑387211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |