| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 189,421 | C→T | 14.4% | S306S (TCC→TCT) | ldcC → | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 189,421 | 0 | C | T | 14.4% | 185.6 / 19.0 | 76 | S306S (TCC→TCT) | ldcC | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/28); new base T (3/8); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
TCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTC > Exported/189357‑189490 | tCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTat < 1:4927792/71‑1 (MQ=255) gAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:3881012/1‑71 (MQ=255) gAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:510611/1‑71 (MQ=255) gAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatg > 1:434327/1‑70 (MQ=255) gaAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCt > 1:4623857/1‑71 (MQ=255) gaAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCt > 1:3894315/1‑71 (MQ=255) aaaGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTa > 1:4937819/1‑62 (MQ=255) aGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:4290675/1‑63 (MQ=255) aGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:2218423/1‑63 (MQ=255) aGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATAGCtcg > 1:5003596/1‑68 (MQ=255) gTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCt < 1:5066459/58‑1 (MQ=255) tCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatgatg < 1:567370/63‑1 (MQ=255) tCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatgatg < 1:3491197/63‑1 (MQ=255) cGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGctc > 1:854265/1‑70 (MQ=255) cGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGctc > 1:269261/1‑70 (MQ=255) tACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTat < 1:3868078/52‑1 (MQ=255) tACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTat < 1:2444009/52‑1 (MQ=255) ccACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTacaaca < 1:2754691/69‑1 (MQ=255) aCGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTat < 1:3998489/48‑1 (MQ=255) cGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTat < 1:5195136/47‑1 (MQ=255) cGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGAc < 1:3266972/71‑1 (MQ=255) gCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTcc < 1:1547988/40‑1 (MQ=255) gCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTcc < 1:4726067/40‑1 (MQ=255) gCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTcc < 1:2137869/40‑1 (MQ=255) gCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:2914314/1‑48 (MQ=255) gCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTatga > 1:3778/1‑48 (MQ=255) cAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg < 1:3064601/71‑1 (MQ=255) aGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTg < 1:2624873/52‑1 (MQ=255) aGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTg < 1:4143261/52‑1 (MQ=255) cacaATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCGCCTATGATGGCTTGct > 1:2516591/1‑52 (MQ=255) cacaATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTacaa > 1:1040026/1‑58 (MQ=255) acaATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:4239061/71‑1 (MQ=255) cctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTatgatg < 1:4893161/40‑1 (MQ=16) cctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGa < 1:4758161/59‑1 (MQ=255) cctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaag < 1:2019451/69‑2 (MQ=255) ctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGa < 1:5471160/59‑1 (MQ=255) ctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaaga < 1:471353/70‑3 (MQ=255) aTGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTac < 1:2466371/52‑1 (MQ=255) gCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaagaa < 1:2937832/69‑4 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTGTac > 1:5620116/1‑48 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTac > 1:2866530/1‑48 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTac > 1:5037705/1‑48 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTac > 1:2705220/1‑48 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGAc > 1:1621106/1‑71 (MQ=255) ggTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTg < 1:2316454/40‑1 (MQ=255) ggTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGAc > 1:4322079/1‑55 (MQ=255) ggTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGAc > 1:799590/1‑55 (MQ=255) ttCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:338588/1‑71 (MQ=255) tCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:4337910/1‑70 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa > 1:5507862/1‑71 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:1329826/71‑1 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:5363489/71‑1 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg > 1:5636815/1‑53 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg > 1:4641445/1‑53 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4167162/1‑71 (MQ=255) cGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCtt < 1:1216458/65‑2 (MQ=255) tGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCg > 1:4888144/1‑71 (MQ=255) tGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCg > 1:5152287/1‑71 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:1169489/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:5248894/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:2425624/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:481164/49‑1 (MQ=255) aTCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc < 1:2132984/71‑1 (MQ=255) aCCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTTCAACAcc > 1:2196565/1‑36 (MQ=16) aCCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACAcc > 1:5656684/1‑36 (MQ=19) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:4434977/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:1774295/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg < 1:4767132/57‑1 (MQ=255) aCCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACCCTg < 1:2794207/57‑1 (MQ=255) ccAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTTGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGAt > 1:2398691/1‑70 (MQ=255) ccAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGAt > 1:3215029/1‑70 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTgg < 1:1753475/56‑1 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4245769/1‑66 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4768275/1‑66 (MQ=255) cAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:4336822/1‑66 (MQ=255) aaCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATg < 1:4415161/58‑1 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTc > 1:5210805/1‑64 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCAc > 1:4155830/1‑71 (MQ=255) aCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCAc > 1:2508859/1‑71 (MQ=255) ctctACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGATg < 1:2685241/56‑1 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:3638267/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4345823/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4280845/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:2292827/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4783054/1‑52 (MQ=255) ccACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTc > 1:4535807/1‑71 (MQ=255) | TCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTC > Exported/189357‑189490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |