| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 15,386 | C→T | 40.7% | intergenic (+88/+59) | dnaJ → / ← mokC | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 15,386 | 0 | C | T | 40.7% | 51.2 / 92.4 | 89 | intergenic (+88/+59) | dnaJ/mokC | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/18); new base T (24/12); total (59/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGTGCTCTCTT > Exported/15321‑15453 | gtgtgctgtctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCa > 1:943614‑M1/65‑71 (MQ=255) tgtgctgtctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCa < 1:257710‑M1/7‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATa < 1:239958/71‑1 (MQ=255) cAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATa < 1:2048287/71‑1 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg > 1:4577953/1‑71 (MQ=255) ggCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg < 1:5268229/71‑1 (MQ=255) ctgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCt < 1:4305534‑M1/15‑1 (MQ=255) tgcgtcaatcgcagcactggtgctgtaagaccatacataaaaaagccggggataATTCCCATAAGCGCt > 1:4033767‑M1/55‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |