| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 189,453 | G→T | 16.4% | W317L (TGG→TTG) ‡ | ldcC → | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 189,453 | 0 | G | T | 16.4% | 260.9 / 26.2 | 97 | W317L (TGG→TTG) ‡ | ldcC | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/35); new base T (9/7); total (55/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
CAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATT > Exported/189383‑189518 | cAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTg < 1:3064601/71‑1 (MQ=255) acaATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCa < 1:4239061/71‑1 (MQ=255) cctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaag < 1:2019451/69‑2 (MQ=255) ctGGCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaaga < 1:471353/70‑3 (MQ=255) gCCGGTACATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCaagaa < 1:2937832/69‑4 (MQ=255) ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGAc > 1:1621106/1‑71 (MQ=255) ttCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:338588/1‑71 (MQ=255) tCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:4337910/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |