| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 189,460 | A→G | 13.3% | K319K (AAA→AAG) | ldcC → | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 189,460 | 0 | A | G | 13.3% | 218.3 / 21.7 | 90 | K319K (AAA→AAG) | ldcC | lysine decarboxylase 2, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/30); new base G (8/4); total (56/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
CCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATTTTCATCCGA > Exported/189395‑189527 | ccGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGAc > 1:1621106/1‑71 (MQ=255) ttCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:338588/1‑71 (MQ=255) tCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTg > 1:4337910/1‑70 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:1329826/71‑1 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa > 1:5507862/1‑71 (MQ=255) cATGCTGTAATTACCAACTCTACCTATGATGGTCTGCTGTACAACACCGACTTCATCAAGAAAACACTGGa < 1:5363489/71‑1 (MQ=255) cATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGa > 1:4167162/1‑71 (MQ=255) cGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCtt < 1:1216458/65‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |