| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 643,475 | C→G | 12.2% | G69G (GGG→GGC) | ompF ← | outer membrane porin 1a (Ia;b;F) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 643,475 | 0 | C | G | 12.2% | 206.7 / 14.2 | 74 | G69G (GGG→GGC) | ompF | outer membrane porin 1a (Ia;b;F) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/32); new base G (3/6); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TTGTTACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTA > Exported/643410‑643538 | ttgttACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCtt > 1:1011038/1‑70 (MQ=255)ttgttACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCAGAATTGATTTGAGTTTCCCCtt > 1:5288175/1‑70 (MQ=255) ttACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaa < 1:4960744/70‑1 (MQ=255) tACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaaa > 1:3640255/1‑71 (MQ=255) tACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaaa > 1:3165501/1‑71 (MQ=255) aCCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaaa < 1:5286320/70‑1 (MQ=255) aCCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaaa < 1:5547491/70‑1 (MQ=255) aCCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAc > 1:4247667/1‑71 (MQ=255) cccTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAcc < 1:4264148/71‑1 (MQ=255) cccTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAc > 1:3069201/1‑70 (MQ=255) cccTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAc > 1:4816623/1‑70 (MQ=255) aGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAcc < 1:722900/64‑1 (MQ=255) atatTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTcccc > 1:3779967/1‑51 (MQ=255) atatTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATAGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCa > 1:2092347/1‑70 (MQ=255) atTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACg > 1:3054175/1‑64 (MQ=255) ttCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaa < 1:924360/53‑1 (MQ=255) ttCCCACTGACCATAACCAGTGAATTAATCAGCGATCTGAGTTTCACCTTTGAAACCGATACGGGCATatg < 1:1624665/71‑3 (MQ=2) cccACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGt < 1:2949791/70‑1 (MQ=255) ccACTGACCATAACC‑GTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATa < 1:1896485/65‑1 (MQ=255) cACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaa < 1:3880190/49‑1 (MQ=255) aCTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCtt < 1:604563/45‑1 (MQ=255) aCTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaa < 1:224165/49‑1 (MQ=255) aCTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaa < 1:5207576/49‑1 (MQ=255) aCTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATg > 1:4718141/1‑71 (MQ=255) aCTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATg > 1:4164276/1‑71 (MQ=255) cTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCaa < 1:680037/53‑1 (MQ=255) cTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCAt < 1:888056/62‑1 (MQ=255) gACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaaaa > 1:4256791/1‑47 (MQ=255) cATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCa > 1:3595559/1‑56 (MQ=255) aTAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCttt < 1:4896210/39‑1 (MQ=255) aTAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCttt < 1:2553235/39‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTa < 1:2898862/39‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTa < 1:433922/39‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTa < 1:2563957/39‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAATcc < 1:4119981/44‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAAcc < 1:4593188/44‑1 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTc > 1:3717188/1‑65 (MQ=255) tAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTc > 1:844067/1‑65 (MQ=255) aaCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaa > 1:2788269/1‑39 (MQ=255) aaCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTaa > 1:499538/1‑39 (MQ=255) aaCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCa > 1:2067888/1‑68 (MQ=255) aaCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTg > 1:5361736/1‑71 (MQ=255) aaCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTg > 1:236655/1‑71 (MQ=255) aCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCaa > 1:2854609/1‑44 (MQ=255) aCCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGc < 1:5061059/71‑1 (MQ=255) cGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCa < 1:5320295/71‑1 (MQ=255) ggTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCAc > 1:1943712/1‑71 (MQ=255) ggTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCAc > 1:4015265/1‑71 (MQ=255) aGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGt < 1:3138920/70‑1 (MQ=255) aTCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCAt < 1:4611718/51‑1 (MQ=255) tCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCa > 1:2894089/1‑63 (MQ=255) cGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCa > 1:114233/1‑48 (MQ=255) cGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTc > 1:1219940/1‑52 (MQ=255) gAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGtt < 1:2414017/71‑1 (MQ=255) aaTTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGttt < 1:1447785/71‑1 (MQ=255) aTTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGtttt < 1:4679742/71‑1 (MQ=255) aTTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGtttt > 1:1169998/1‑71 (MQ=255) tGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTaa > 1:1289310/1‑62 (MQ=255) tGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTc > 1:4538312/1‑70 (MQ=255) tGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCa > 1:1560731/1‑71 (MQ=255) gATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCAc > 1:966891/1‑71 (MQ=255) tGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGt > 1:2483133/1‑70 (MQ=255) tGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGt < 1:2997788/70‑1 (MQ=255) aGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTa < 1:39490/70‑1 (MQ=255) aGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTa < 1:5263873/70‑1 (MQ=255) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCg < 1:335279/39‑1 (MQ=9) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCg < 1:979285/39‑1 (MQ=9) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct < 1:670260/45‑3 (MQ=2) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct < 1:4325777/45‑3 (MQ=2) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct < 1:4658526/45‑3 (MQ=2) gTTTCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct < 1:4665175/45‑3 (MQ=2) tttCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct > 1:4732126/1‑42 (MQ=2) tttCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct > 1:1392188/1‑42 (MQ=2) tttCGCCTTTAAAACCCAGACGCGCATAGCTCTGGTCGCCAtct > 1:5123028/1‑42 (MQ=2) tttCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCAt < 1:742732/42‑1 (MQ=255) tgccccTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGt < 1:4086236/48‑1 (MQ=255) | TTGTTACCCTGGAAGTTATATTCCCACTGACCATAACCGGTCAGATCGGAATTGATTTGAGTTTCCCCTTTAAAACCAAGACGGGCATAGGTCATGTCGCCATTGCCACCGTAACTGTTTTCACCGTTA > Exported/643410‑643538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |