| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,115 | A→G | 22.6% | P191P (CCA→CCG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,115 | 0 | A | G | 22.6% | 150.1 / 41.4 | 84 | P191P (CCA→CCG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/27); new base G (12/7); total (50/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
CTGATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGG > Exported/832047‑832177 | cTGATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAAt < 1:4964170/71‑1 (MQ=255) attgccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATccc < 1:3152349/68‑1 (MQ=255) aTCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTcc > 1:936587/1‑71 (MQ=255) tCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAAt > 1:1866958/1‑67 (MQ=255) tCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCg > 1:2305049/1‑71 (MQ=255) gccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGc > 1:4053174/1‑71 (MQ=255) gccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGc > 1:634764/1‑71 (MQ=255) gccgcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTCGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:2273519/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |