| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,118 | T→C | 20.2% | I192I (ATT→ATC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,118 | 0 | T | C | 20.2% | 173.8 / 39.4 | 89 | I192I (ATT→ATC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/33); new base C (12/6); total (50/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
ATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTT > Exported/832050‑832186 | attgccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATccc < 1:3152349/68‑1 (MQ=255)aTCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTcc > 1:936587/1‑71 (MQ=255) tCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCg > 1:2305049/1‑71 (MQ=255) gccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGc > 1:4053174/1‑71 (MQ=255) gccgccGCTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGc > 1:634764/1‑71 (MQ=255) gccgcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTCGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:2273519/71‑1 (MQ=255) cgcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:123709/1‑71 (MQ=255) cATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATg < 1:5015116/71‑1 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTc < 1:4360545/61‑1 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:2610061/65‑1 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:993397/65‑1 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc > 1:4559810/1‑71 (MQ=255) gcTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGc < 1:183876/64‑1 (MQ=255) gcTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTc < 1:5170591/70‑1 (MQ=255) tAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTcc > 1:5432170/1‑60 (MQ=255) tAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:2670855/63‑1 (MQ=255) aaCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCg > 1:517407/1‑69 (MQ=255) aaCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGAt > 1:317158/1‑71 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCg < 1:3344827/59‑1 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:2961017/1‑63 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc < 1:3704031/67‑1 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc < 1:2022767/67‑1 (MQ=255) gTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGt > 1:1435766/1‑71 (MQ=255) ttACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt > 1:3071241/1‑70 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATg > 1:3673520/1‑60 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGttt < 1:2123143/70‑1 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGttt < 1:3578637/70‑1 (MQ=255) gacCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCt > 1:1141376/2‑70 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCtt < 1:1033628/71‑1 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:3327177/70‑1 (MQ=255) cATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCtt > 1:15918/1‑68 (MQ=255) cATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:64348/1‑69 (MQ=255) cATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCAGGCAATGTCGATGGTTTCTTACg > 1:89437/1‑71 (MQ=255) aTCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATgg < 1:3825966/61‑1 (MQ=255) aTCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTc < 1:4413210/65‑1 (MQ=255) tCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGcc > 1:4959062/1‑70 (MQ=255) tCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTc < 1:4729009/45‑1 (MQ=255) tCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCa > 1:4398508/1‑71 (MQ=255) tCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCa < 1:4060976/71‑1 (MQ=255) tCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCa > 1:687530/1‑71 (MQ=255) aaaacCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTATCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGccgc > 1:5204152/1‑68 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:4345175/1‑65 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:911313/1‑65 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:4121883/1‑65 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:2540267/70‑1 (MQ=255) aaacCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGcga > 1:12496/1‑46 (MQ=255) aaacCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGa > 1:5329077/1‑54 (MQ=255) aaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATgg > 1:4079964/1‑57 (MQ=255) aaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATgg > 1:105675/1‑57 (MQ=255) aaaCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCgg > 1:141378/1‑44 (MQ=25) cccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACg > 1:3754798/1‑69 (MQ=255) ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt > 1:1641594/1‑70 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCa < 1:4593028/54‑1 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:3760901/1‑71 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCTCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:5041481/45‑1 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:4416514/45‑1 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctctc < 1:432230/71‑1 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:2281001/1‑45 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:4226510/1‑45 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:5561017/1‑70 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:4606854/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:4333045/48‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:3673273/48‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:2834931/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTg < 1:4234690/71‑1 (MQ=255) gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGc > 1:4435639/1‑67 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCtt < 1:3528944/39‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:5681275/70‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:4056302/70‑1 (MQ=255) ggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTgg > 1:3516300/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:797299/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:309090/1‑71 (MQ=255) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:5516512/1‑70 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:3490314/1‑58 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:5337072/1‑58 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:907774/1‑58 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc < 1:4074580/46‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAACGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc < 1:5222526/46‑1 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCggg > 1:4835259/1‑37 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCg > 1:832534/1‑35 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc > 1:2409515/1‑44 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:5503313/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:5495926/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:1481988/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:110474/59‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:927527/66‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4752251/71‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:3642011/71‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4678871/1‑70 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4341106/1‑70 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:898989/1‑55 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:3654107/1‑55 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:5452763/69‑1 (MQ=255) | ATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTT > Exported/832050‑832186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |