| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,146 | T→G | 16.0% | S202A (TCG→GCG) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,146 | 0 | T | G | 16.0% | 196.2 / 40.4 | 100 | S202A (TCG→GCG) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/30); new base G (6/10); total (60/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCC > Exported/832077‑832216 | aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:2540267/70‑1 (MQ=255) cccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACg > 1:3754798/1‑69 (MQ=255) ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt > 1:1641594/1‑70 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:3760901/1‑71 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:4606854/1‑70 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCg > 1:5561017/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:4333045/48‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt < 1:3673273/48‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:2834931/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |