| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,170 | A→C | 16.1% | I210L (ATT→CTT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,170 | 0 | A | C | 16.1% | 236.6 / 48.7 | 118 | I210L (ATT→CTT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/47); new base C (5/14); total (57/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACC > Exported/832103‑832235 | cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:4056302/70‑1 (MQ=255) ggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTgg > 1:3516300/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:797299/1‑71 (MQ=255) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:5516512/1‑70 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:110474/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:1481988/59‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTg < 1:5503313/59‑1 (MQ=255) atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:921405/68‑1 (MQ=255) atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:3742798/68‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |