| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 832,181 | T→C | 16.4% | T213T (ACT→ACC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 832,181 | 0 | T | C | 16.4% | 243.3 / 34.7 | 106 | T213T (ACT→ACC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/44); new base C (5/12); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTGGGGCGAGCAAACT > Exported/832116‑832250 | atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:921405/68‑1 (MQ=255)atcccGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGttt < 1:3742798/68‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:927527/66‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:3642011/71‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:4752251/71‑1 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4678871/1‑70 (MQ=255)aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:4341106/1‑70 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:592971/1‑71 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg > 1:2197797/1‑71 (MQ=255) cGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1759196/68‑1 (MQ=255) cGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTa < 1:1411874/68‑1 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt < 1:5232913/71‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1360984/1‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:1552504/1‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGAACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt > 1:3361782/1‑70 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGTCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:5181192/71‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:1379888/71‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:2705791/1‑57 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |