| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 833,177 | G→T | 17.7% | L545L (CTG→CTT) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 833,177 | 0 | G | T | 17.7% | 207.3 / 23.4 | 79 | L545L (CTG→CTT) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/32); new base T (11/3); total (44/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
GCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCG > Exported/833109‑833247 | gCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGa < 1:4305386/70‑1 (MQ=255) cccGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAAc < 1:1926014/71‑1 (MQ=255) gTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCAc < 1:3346124/71‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:725909/63‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:2100598/63‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTg > 1:3616516/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTg < 1:3599317/62‑1 (MQ=255) aaTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTgg > 1:3454848/1‑71 (MQ=255) aTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |