| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 833,198 | T→C | 14.7% | D552D (GAT→GAC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 833,198 | 0 | T | C | 14.7% | 221.4 / 27.4 | 96 | D552D (GAT→GAC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/41); new base C (9/5); total (50/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
GATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGG > Exported/833133‑833268 | caTAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGaa > 1:5055733/2‑71 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:988636/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGa < 1:3246245/69‑1 (MQ=255) aTAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTAGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 1:652935/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5373823/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:5524510/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:2336230/1‑71 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACt > 1:114290/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |