| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,635 | C→T | 20.0% | H1031H (CAC→CAT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,635 | 0 | C | T | 20.0% | 258.3 / 53.8 | 125 | H1031H (CAC→CAT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/50); new base T (15/10); total (65/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TCTCCAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTG > Exported/834565‑834702 | tctcCAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCAc > 1:422689/1‑71 (MQ=255)tctcCAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCAc > 1:3109015/1‑71 (MQ=255) cAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAga < 1:3325402/71‑2 (MQ=255) cAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGc > 1:2279472/1‑71 (MQ=255) cAGCCCGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGc > 1:3771642/1‑71 (MQ=255) cAGCCCCACCTGGTCCGGTCTGGAAAGCGATCACGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAgt > 1:3245122/1‑70 (MQ=255) cGACCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGa > 1:5564691/1‑64 (MQ=255) aCCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATcc > 1:3053275/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |